CentOSやUbuntuといった主要ディストリだと、Syslogにはrsyslogが使われている(ので、rsyslogがよく使われていると思う)。 でまぁ、rsyslogでlocalファシリティ(local5.infoとか)の設定をして、ファシリティ別に別ファイルにログを送るようにrsyslogで設定する際、以下の記述をしてないと「/var/log/messages」とか「/var/log/syslog」にもログが飛んでしまう。

*.info;mail.none;authpriv.none;cron.none;local5.none;local6.none;ファシリティ名.none;
                                                        /var/log/messages

これで、/var/log/messagesに対象のファシリティのログが転送されないようになったはずだ。