ふと気になったので調べてみた。
どうやら、以下のようにsedを実行すればいけるようだ。

sed '${/^$/d;}' ファイルPATH
blacknon@BS-PUB-UBUNTU-01:~$ cat /tmp/test123

1111
222

3333

33333

blacknon@BS-PUB-UBUNTU-01:~$ cat -ET /tmp/test123
$
1111$
222$
$
$
3333$
$
33333$
$
blacknon@BS-PUB-UBUNTU-01:~$ sed '${/^$/d;}' /tmp/test123

1111
222

3333

33333

空行でない場合は削除されないことも確認できている。

blacknon@BS-PUB-UBUNTU-01:~$ cat /tmp/test456
1111
2222

33333

55555
blacknon@BS-PUB-UBUNTU-01:~$ sed '${/^$/d;}' /tmp/test456
1111
2222

33333

55555

sedって、こんな指定の仕方もできるのだなぁ…
どっかで見たことあったのかもしれないけど、あまり理解が及んでいなかったようだ。

その他、以下のようにコマンドを実行して対応することもできるようだ。

sed -z 's/\n$//' ファイルPATH
[centos@test-centos7 ~]$ cat /tmp/test123.txt
1111

2222
3333

4444
5555

[centos@test-centos7 ~]$ sed -z 's/\n$//' /tmp/test123.txt
1111

2222
3333

4444
5555