Graylog Serverのバージョンを2.0系から2.1系にアップグレードした際の手順について備忘として残しておく。
なお、サーバのOSはUbuntu Server 16.04を用いている。

まず、以下のコマンドで2.1系のリポジトリをインストールする。

wget https://packages.graylog2.org/repo/packages/graylog-2.1-repository_latest.deb
sudo dpkg -i graylog-2.1-repository_latest.deb

次に、パッケージ情報の更新をしてアップデートする。

sudo apt-get update
sudo apt-get install graylog-server

再起動後は、graylog-server(およびコレクターを使っているならばエージェント側のGraylog Collector Sidecar)の再起動を行うこと。
(サーバは再起動しないとCollectorなどの項目が見えない、Collectorは再起動しないとFailedになるので注意。)