認証が必要なTimeMachineサーバにバックアップを取ってから、Macbook(Mac OS X Sierra)のシステムリカバリをしようとしたところ、GUIに沿って操作するだけだとTimeMachineを認識できないようだ。
じゃ、どうするんだというと、Command + R + 電源ボタンでリカバリ用のmacOSユーティリティを起動→「TimeMachineバックアップ」を選択してネットワークに接続したら、上のメニューからターミナルを開いて以下のようにコマンドを実行する。

mkdir /Volumes/TimeMachine
cd /Volumes/TimeMachine
mount -t afp afp://Username:Password@TimeMachineServerName/ShareName /Volumes/TimeMachine # パスワードに@マークなど含む場合は、URLエンコーディングする
hdid /Volumes/TimeMachine/リカバリに使用したいTimeMachineバックアップ

コマンド実行後、GUIのTimeMachine一覧に選択したTimeMachineバックアップが表示されているので、あとはGUIに沿ってリカバリを進めてやればいい。